En cette fabuleuse journée mondiale du microbiome, nous sommes absolument ravis de vous présenter cette interview exclusive d’Elisabeth Bik. Elle dirige le Microbiome Digest, les nouvelles quotidiennes sur les microbes si vous voulez, et nous lui devons une grande partie de ce que nous savons aujourd’hui sur eux. Marie est beaucoup  trop fan, ça en devient un peu embarrassant…

Et si vous nous parliez un peu de vous un peu de vous et de votre parcours ?

J’ai grandi aux Pays-Bas. Je suis née à Gouda (célèbre pour son fromage, ses gaufrettes au caramel et son magnifique hôtel de ville). J’ai étudié la microbiologie à l’Université d’Utrech, et j’ai fait mon doctorat à l’Institut national néerlandais de la santé sur le choléra, à la suite de quoi j’ai travaillé dans un laboratoire hospitalier pendant 4 ans. J’ai déménagé aux États-Unis en 2001 et ai rejoint l’Université de Stanford pendant 15 ans pour la recherche sur le microbiome. J’ai travaillé à la fois sur des échantillons humains ainsi que sur des échantillons de dauphins et de lions de mer, dans le cadre d’un projet financé par l’US Navy Office of Naval Research. Depuis 2016, je travaille chez uBiome, dont je suis le directeur scientifique et éditorial.

Vous souvenez-vous de la première fois que vous avez entendu parler du microbiome ? Qu’est-ce qui vous a motivé à vous lancer dans ce champs scientifique ?

J’ai travaillé sur le microbiome avant même qu’on l’appelle le microbiome ! J’ai travaillé dans le laboratoire de David Relman, et nous avons été l’un des premiers à analyser les «communautés microbiennes» de l’intestin humain. Nous voulions examiner ces communautés chez les patients atteints de la maladie de Crohn, mais nous avons réalisé que nous devions d’abord analyser les contrôles sains, car il n’y avait pas beaucoup d’études moléculaires. C’était encore à l’époque du clonage des fragments de PCR et du séquençage de Sanger, et nous avons aligné toutes nos séquences à la main. Nous étions très fiers d’avoir généré un ensemble de 13 000 séquences provenant de 3 patients, mais de toute évidence, c’était un très petit ensemble de données comparé à ce que nous pouvons faire de nos jours. Après ce premier ensemble de données, nous avons analysé plusieurs autres séries d’échantillons, de la bouche et de l’estomac. C’était très excitant de faire partie de la première décennie de recherche sur le microbiome – il s’agissait de déterminer «qui est là». Nous n’avions pas vraiment encore creusé la fonction, mais c’était un travail que personne n’avait fait auparavant à cette échelle.

Qu’est-ce qui vous a donné l’idée de démarrer le Microbiome Digest?

Tout a commencé avec quelques documents pertinents que j’ai trouvés lors de ma recherche quotidienne PubMed, que je transférais à à mes collègues. Ils appréciaent vraiment alors j’ai commencé à envoyer de plus en plus de papiers. Finalement, ça s’est transformé en un courriel hebdomadaire, qui est rapidement devenu quotidien. À mesure que la recherche sur le domaine du microbiome se développait, l’e-mail quotidien s’alongeait. Un jour, lors d’un happy-lab chez The Dutch Goose, à Menlo Park, un de mes collègues m’a suggéré de transformer ces petites mises à jour sur la recherche en un blog, et de les partager avec le reste du monde. Cette nuit-là, j’ai acheté le domaine MicrobiomeDigest.com, mis en place un site WordPress et lancé le blog que vous connaissez aujourd’hui. J’ai envoyé des courriels à d’autres laboratoires spécialisés sur le microbiome, et le mot s’est répandu très rapidement. J’ai dirigé le blog toute seule pendant les trois premières années, mais aujourd’hui, je travaille avec une équipe de 15 scientifiques extraordinaires, qui se relaient pour compiler tous les nouveaux articles et écrire du contenu.

Quel est votre fun fact préféré concernant le microbiome ?

Qu’un microbiome sain chez une personne vivant en Europe ou aux États-Unis soit très différent d’un microbiome sain chez les chasseurs-cueilleurs en Amérique du Sud ou en Afrique. Par conséquent, il est impossible de définir ce qu’est un microbiome sain. Tout dépend de l’endroit où nous vivons et de ce que nous mangeons. Aussi, on a pu observé que la plupart d’entre nous ne mangent pas assez de fibres. Augmenter la quantité de fibres dans votre alimentation est un moyen très facile de nourrir vos microbes intestinaux, avec le carburant dont ils ont besoin pour vous faire vous sentir en bonne santé.

Beaucoup s’intéressent au microbiome de la peau ces derniers temps. Quelle est la dernière étude que vous avez trouvée intéressante, et pourquoi?

J’ai récemment lu ce papier. Il traite du microbiome de la peau des prématurés et des nourrissons à terme, et montre qu’une plus faible diversité est plus potentiellement pathogène chez les prematurés. Une telle recherche est importante pour mieux prendre soin des prématurés et s’assurer qu’ils prennent un bon départ dans la vie. En général, le microbiome cutané n’a pas fait l’objet de nombreuses études de recherche universitaires. Jusqu’à présent, la plus grande attention a été accordée au microbiome de l’intestin. Compte tenu de cela, il est même étonnant que l’industrie cosmétique avance si vite dans la recherche sur le microbiome cutané et le développement de produits pour soigner le microbiome de la peau et le réapprovisionner en souches bénéfiques (probiotiques) et alimentaires (prébiotiques).

Vous travaillez actuellement en tant que directeur de la rédaction scientifique chez UBiome. Pouvez-vous nous expliquer ce que l’entreprise fait et pourquoi pensez-vous que la science citoyenne est l’avenir ?

UBiome est le leader de la génomique microbienne. Nous développons des produits liés au microbiome pour les consommateurs, ainsi que pour les patients et les cliniciens. Nous avons développé deux produits cliniques, SmartGut pour les troubles gastro-intestinaux, et SmartJane, qui combine l’analyse du microbiome vaginal avec le génotypage des ITS et du VPH. Ces produits cliniques sont prescrits par les cliniciens et remboursables par la plupart des compagnies d’assurance maladie. L’Explorer est notre produit destiné au grand public. Il s’agit d’un test qui  permet à tous les utilisateurs du monde entier de s’informer sur leur microbiome et d’agir. Ce produit scientifique a généré le plus grand ensemble d’échantillons de microbiomes au monde, avec actuellement plus de 250 000 ensembles de données. Sans le pouvoir des « scientifiques citoyens », nous n’aurions pas été en mesure de générer un aussi grand ensemble de données. Il nous permet d’appliquer des innovations dans l’apprentissage automatique, et d’autres méthodes de calcul pour approfondir l’analyse du microbiome, que nous pouvons ensuite utiliser pour le développement de nouveaux produits.

Nous sommes un peu obsédés par la nourriture chez Gallinée. Qu’est-ce qui vous manque le plus de votre Pays-Bas natal?

Le hareng cru aux oignons! Ça dégoute généralement la plupart des non-Hollandais, mais c’est tellement bon. Chaque fois que je rentre à la maison, je m’assure toujours de manger un hareng cru, soit sur une tranche de pain pour le déjeuner, soit acheté sur le pouce façon street food. Je n’ai toujours pas réussi à trouver du hareng dans la baie de San Francisco, mais il y a beaucoup de sushi et de poke bowls ici, donc je me débrouille toujour pour avoir ma dose hebdomadaire de poisson cru.

Merci Elizabeth ! Si vous souhaitez en savoir plus sur le microbiome, vous pouvez jeter un oeil au site microbiome digest, juste ici. Et bonne journée mondiale du microbiome à tous !